· 截头多肽文库(Truncation peptide libraries)

      截头多肽文库被用来确认多肽序列中起到活性作用的最短氨基酸序列，截头多肽文库的建立方法一般是系统性地去除原多肽序列两侧氨基酸而得到的。假如已知某些起重要作用的氨基酸，那么应该保留这些氨基酸序列然后从肽的另外一端开始逐个去除氨基酸开始筛选。

· 随机多肽文库(Random Peptide Library)

      随机多肽文库的设计是以20种天然氨基酸通过鸟枪式法(shotgun approach)同时地、随机地取代被选择的氨基酸残基。

· 单位点扫描多肽文库(Positional Scanning Library)

      单位点扫描多肽文库是对多肽序列进行优化的一个重要工具，对多肽某个选定的区域或位点被系统地用其他氨基酸替换，通过多肽活性测定以确定这个位点最优的氨基酸。这类肽库有助于研究人员发现在某个特定位置上具有特殊影响或活性的特定区域。

· Ala扫描多肽文库(Alanine Scanning Library)

      Ala扫描多肽文库是鉴别序列中特定氨基酸对多肽功效影响的一种途径，我们使用Ala依次替换序列中的氨基酸；通过Ala扫描多肽文库以辨出某一特定氨基酸对整个蛋白结构、功能和其他生物活性的影响。

· Scrambled Library

      Scrambled Library的设计是基于对原有多肽氨基酸序列进行内部置换来实现的。它是突变程度最高的多肽文库，被打乱的多肽通常被用于作为阴性对照证实某一特定序列是蛋白功能或活性的关健。它也是一个用来发现新目标的随机筛选工具。

· 首尾相搭多肽文库(Overlapping Library)

      首尾相搭多肽文库是用于筛选线性或连续性表位的一种常用手段。这种肽库的设计主要由肽长(peptide length)和步移(offset number)两个参数决定。蛋白从N端开始，逐步向C端截取设计后，最后很有可能会剩下一条孤肽(Orphan peptide)，我们建议将N端转移一个或者几个氨基酸过来，以保持一致长度。